Escenario
Ubuntu server instalado, con el servidor web apache y soporte para PHP, aplicaciones php. Al ejecutar el comando date en el terminal nos muestra una hora, pero en la aplicación web la hora es diferente.
Solución
Debemos hacer un cambio en el archivo php.ini, en este caso lo encuentro en la ruta /etc/php/7.0/apache2/php.ini. Se debe tener en cuenta que «7.0» puede no ser la versión instalada, por lo que deberemos validar la ruta correcta
nano /etc/php/7.0/apache2/php.ini
Buscar la sección [Date], descomentar la linea date.timezone = y especificar la zona horaria correspondiente con el sistema, podemos encontrar la lista de zonas horarias complatibles en https://www.php.net/manual/es/timezones.america.php
Ahora debemos reiniciar el servidor web
service apache2 restart
Con esto la hora deberia de la aplicación debe corresponder con la de la aplicación.